R Školica

Greg Martin's R programming for beginners – statistic with R, on Youtube

• ako code editor nije otvoren: File -> New File -> R code
• izvšavanje pojedinačne linije: cursor na liniju, zatim ctrl+enter
• podaci (data) se možda neće učitati ("promise") dok ne napravite nešto s njima (npr. summary())
• Martin na jednom mjestu u tutorialu ima typo: nije dyplr nego dplyr

učitavanje podataka iz xlsx file-a

• tablicu treba "očistiti" od kompliciranih headera, rupa, izračunatih vrijednosti itd. (bez dvostrukih razmaka ako već moraju biti; R pretvara razmak u točku)
• komanda setwd specificira working directory u kojem se nalaze podaci (uočiti forward slash, čak i na Windowsima)
• primjer učitavanja podataka iz excel sheet-a u R-ov dataframe

  setwd("C:/Users/Ines/pathToDataFolder")
  #install.packages("readxl")
  library(readxl)
  data <- read_excel("pojednostavljena_tablica.xlsx",  sheet = 1)
  head(data)
  hist(data$Empty.vector)
      

• primjer petlje koja hoda po svim sheetovima (excel_sheets vraća listu imena, a ne samih sheetova!)

setwd("C:/Users/Ines/pathToDataFolder")
#install.packages("readxl")
library(readxl)
sheet_names <- excel_sheets("p53_statistika.xlsx")

for (name in sheet_names) {
   print (name)
   sheet <- read_excel("p53_statistika.xlsx", sheet=name)
}
   

Error bars

• standardna pogreška (standard error)
  • mjeri koliko točno smo odredili srednju vrijednost
  • teži u nulu s veličinom uzorka
  • drugim riječima, ako je standardna pogreška prevelika, znači da nam je uzorak premali
  • s durge strane, ta broja može biti nula, a da je distribucija šira od čitavog grafa
• standardna devijacija (standard deviation)
  • mjeri koliki je rasap vrijednosti u uzorku ("širina distribucije")
  • teži nekoj fiksnoj vrijednosti s veličinom uzorka
  • iz te vrijednosti se vidi zašto mjerenje pada na t-testu (distribucije se preklapaju)
  • te vrijednosti moraju biti usporedive za dvije distribucije da bi t-test vrijedio
• općeniti savjeti za errorbars - kako propisno opisati graf
  • error bars uputstva Američkog drustva za biokemiju i molekularnu biologiju
  • Error bars, Nature
  • Error bars in cell biology - clanak (Rule4 je malo sumnjiv)
• standardna devijacija (standard deviation) na Wikipediji
• standardna pogreska (standard error) na Wikipediji
• standardna pogreska (standard error) na Khan Academy - najbolje objašnjenje što je zapravo standardna pogreška
• Wormbook - praktična statistika za biologe

Plotting

• ggplot2 (plotting package za R)