Molekularna

Vježba

U svim vježbama zadatak je pronaći poziciju na genomu i na proteinu, te napraviti prezentaciju od 3 stranice.

Poziciju na genomu moguće je pronaći i ilustrirati kosteći UCSC Genome Browser (Preglednik Genoma Kalifornijskog Sveučilišta Santa Cruz).

Za vizualizaciju proteinske strukture koristit ćemo danas PyMol, instaliran na vašem računalu.

Primjer prezentacije

Nekoliko savjeta

pri korištenju UCSC GB

• upišite interval od +/- 10 nukleotida, npr. chr11:5,248,223-5,248,243
• prelaskom miša preko egzona pokazat će se broj egzona (u danom splice-u)

pri korištenju PyMol-a

• ‘fetch 1xyz’ da biste učitali strukturu 1xyz direktno iz PDB baze podataka
• ‘select ime, chain A and resi 235’ - da bi se reziduum 235 iz lanca A pojavio na izbrniku s desne strane

Zadaci

• grupa 1: chromosome: 17 position: 7577547, assembly: GRCh37/hg19; PDB: 1ycs
• grupa 2: Chr17: 41203088 (on Assembly GRCh37); pdb 1t15
• grupa 3: Chr9: 136131057 (on Assembly GRCh37); pdb 2a8u
• grupa 4: Chr12: 103246700 (on Assembly GRCh37); pdb 1dmw
• grupa 5: Chr19: 18898453 (on Assembly GRCh37); pdb 3fby