NGS

Vježba

U svim vježbama zadatak je pronaći varijantu koja je najuvjerljiviji kandidat za uzročnika bolesti.

“VCF” (variant calling file) smo smanjili na nekoliko unosa.

Upute

Pri ocjenjivanju varijanate možemo koristiti slijedeće pokazatelje:

• kvalitetu odčitanja
• frekvenciju (učestalost) u općoj populaciji (ExAC!)
• (ne) pristunost o srodniku sa ili bez fenotipa
• relativnu poziciju u genu (egzon, intron, ..; UCSC Genome Browser)
• utjecaj na protein za koji gen kodira (UCSC Genome Browser + tablica translacije kodon-amino kiselina)
• preklapanje s fenotipom (HPO browser, ClinVar)
• mjesto izražavanja
• sačuvanje u drugim vrstama (UCSC Genome Browser)
• položaj na strukturi (UniProt, PDB)

Dodatni savjeti

• za određivanje veze fenotipa i genotipa koristite HPO browser
• za određivanje položaja mutacija unutar gena, kao i njezinog utjecaja, koristite UCSC Genome Browser
• ExAC databazu korstite da biste saznali frekvenciju u populaciji, njihovu preostalu anotaciju možete zanemariti
• mi tražimo mutacije koje su vrlo rijetke - ako varijanta nije uopće prisutna u ExAC databazi, tim bolje!
• ako radite u grupi, podijelite posao!

Zadaci

Zadatak1:

• fenotip: ekstremni nedostatak adipoznog tkiva
• VCF tablica

Zadatak 2:

• Rett sindrom

Zadatak 3:

• Tay-Sachs sindrom

Zadatak 4:

• tirozinemija

Zaadak 5:

• encefalopatija