Farmakogenomika i ciljana terapija za tumore
Vježba
U svim vježbama zadatak je objasniti fizičku osnovu interakcije varijanata i farmakoloških molekula. Počnite na stranici PDB-a, databaze proteinskih struktura. Što kaže o zadanim identifikatorima (na početku svakog zadatka)?
Za vizualizaciju proteinske strukture koristit ćemo danas PyMol, instaliran na vašem računalu.
Frekvencije mutacija u općoj (nominalno zdravoj populaciji) gnomAD Browser.
Primjer prezentacije
Zadaci
- Zadatak 1: Aspirin
- Ciklooksigenaza, molekula mjeseca na PDB-u
- PDB: 4cox, 1prh, 3kk6 (molekule: INM, resizduumi 530, 109, 346)
- COX-1 i COX-2 na Wikipediji
- Aspirin vise voli COX-2
- "Decreased cyclooxygenase inhibition by aspirin in polymorphic variants of human prostaglandin H synthase-1"
- Provjerite ucetalost varijanata u opcoj populaciji. Gdje se nalazi (i koja je) odgovarajuca mutacija na genomu?
- Zadatak 2: Genetske osnove razlika u metabolizmu lijekova - NAT2 kao primjer
- Genetic Basis of Drug Metabolism , Medscape
- PDB: 2PFR; od posebnog interesa D122N and K268R
- Efekt varijanata na farmakodinamiku.
- NAT2 alele
- Structural Basis of Substrate-binding Specificity of Human Arylamine N-Acetyltransferases
- Provjerite učestalost varijanata u općoj populaciji. Gdje se nalazi (i koja je) odgovarajuća mutacija na genomu?
- U cemu je problem s ClinVar unosom ? (vratiti se na to pitanje slijedeci put?)
- Zadatak 3: Osimertinib: ciljana terapija za tumore
- Osimertinib, ukratko na Wikipediji
- Osimertinib making a breakthrough in lung cancer targeted therapy
- Kako funkcionira osimertinib
- PDB: 4ZAU, 4i24; od interesa je T790
- Provjerite učestalost varijanata u općoj populaciji. Gdje se nalazi (i koja je) odgovarajuća mutacija na genomu?
Kolekcija farmakogenomičkih informacija: PharmGKB