Molekularna

Prethodni put ...

Štoviše

Vježba

U svim vježbama zadatak je pronaći poziciju na genomu i na proteinu, te napraviti prezentaciju od 3 stranice.

Poziciju na genomu moguće je pronaći i ilustrirati kosteći UCSC Genome Browser (Preglednik Genoma Kalifornijskog Sveučilišta Santa Cruz).

Za vizualizaciju proteinske strukture koristit ćemo danas PyMol, instaliran na vašem računalu.

Primjer prezentacije

Nekoliko savjeta

pri korištenju UCSC GB

• upišite interval od +/- 10 nukleotida, npr. chr11:5,248,223-5,248,243
• prelaskom miša preko egzona pokazat će se broj egzona (u danom splice-u)

pri korištenju PyMol-a

• ‘fetch 1xyz’ da biste učitali strukturu 1xyz direktno iz PDB baze podataka
• ‘select ime, chain A and resi 235’ - da bi se reziduum 235 iz lanca A pojavio na izborniku s desne strane

DNA codon table

U pod-listi za svaki zadatak su dodatne sugestije - za zanimljiviju prezentaciju

Zadaci: koja je moguća posljedica mutacije na zadanom mjestu u genomu? Koje mutacije neće imati posljedica?

• Zadatak 1: Chr4:1,803,657 (on Assembly GRCh37); PDB: 1ry7
  • hint 1
  • hint 2
  • hint 3
• Zadatak 2: Chr17:41,258,473 (on Assembly GRCh37); PDB: 1jm7
  • hint 1
  • hint 2
  • hint 3
  • jesu li mutacije u tom dijelu gena/proteina česte?
• Zadatak 3: Chr15:28,365,618 (struktura nije poznata)
  • for Chr15:28,365,618 zoom out 100x
  • hint 1
  • Chr15:28,230,318
  • ovdje traziti rs brojeve (pod ID)
  • hint 2
  • koji mit rasprsuje ova tablica?