WES



Vježba

U svim vježbama zadatak je pronaci gen uzrocnik urođenog genetskog oboljenja

VCF-ov (variant calling files) se mogu pronaci na MendelMD platformi.

  • Zadatak 1: ("exercise 1" na MendelMD)

    “Mala pacijentica, trenutno 6 mjeseci. S 30 dana natecen abdomen s hepatosplenomegalijom, cestim proljevom i pvracanje. Roditelji su bratic i sestricna te je s toga napravljen test na Wolmanovu bolest. Test se pokazao negativnim te je uzorak DNA proslijedjen na WES.”

  • Zadatak 2: ("exercise 2" na MendelMD)

    “Neonathal lethal. Dysmorphic facial features, lung hypoplasia, cerebral calcifications, and diffuse osteosclerosis. Parents are unrelated and not affected, but there were 3 siblings who also died soon after birth.”

    • trio (spreadsheet)
    • Koja je frekvencija roditeljskih mutacija u opcoj populaciji? (gnomAD)
    • 5yh3 (PDB), ADN
  • Zadatak 3: ("exercise 3" na MendelMD)

    “12 godišnji djecak, sa zaostatkom u razvoju. Slaba verbalna komunikacija. Ne pohađa školu. Pati od povremenih epileptičnih napada, lako gubi ravnotezu i preferira lijevu ruku. Vesele i društvene naravi. Roditelji nisu srodnici i ne pate od usporedivih simptoma.”


    fotografija