WES
Vježba
U svim vježbama zadatak je pronaci gen uzrocnik urođenog genetskog oboljenja
VCF-ov (variant calling files) se mogu pronaci na MendelMD platformi.
“Mala pacijentica, trenutno 6 mjeseci. S 30 dana natecen abdomen s hepatosplenomegalijom, cestim proljevom i pvracanje. Roditelji su bratic i sestricna te je s toga napravljen test na Wolmanovu bolest. Test se pokazao negativnim te je uzorak DNA proslijedjen na WES.”
- zasto je Wolman test napravljen prvo?
- trio (spreadsheet)
- hint 1: Reactome
- 3jd8 (PDB)
“Neonathal lethal. Dysmorphic facial features, lung hypoplasia, cerebral calcifications, and diffuse osteosclerosis. Parents are unrelated and not affected, but there were 3 siblings who also died soon after birth.”
- trio (spreadsheet)
- Koja je frekvencija roditeljskih mutacija u opcoj populaciji? (gnomAD)
- 5yh3 (PDB), ADN
“12 godišnji djecak, sa zaostatkom u razvoju. Slaba verbalna komunikacija. Ne pohađa školu. Pati od povremenih epileptičnih napada, lako gubi ravnotezu i preferira lijevu ruku. Vesele i društvene naravi. Roditelji nisu srodnici i ne pate od usporedivih simptoma.”
- trio (spreadsheet)
- hint 1: Face2Gene
- hint 2: OMIM
- Kako znamo da bolest nije Rett ili ATRX sindrom?
- Kakva je veza izmadju kromsomske lokacije koju navodi OMIM i ostecenog gena?