WES
Vježba 3
U svim vježbama zadatak je pronaći varijantu koja je najuvjerljiviji kandidat za uzročnika bolesti. Roditelji nemaju fenotip (simptome) a referentni sklop genoma je GRCh37.
“VCF” (variant calling file) smo smanjili na nekoliko unosa.
Upute
Pri ocjenjivanju varijanata možemo koristiti slijedeće pokazatelje:
- kvalitetu odčitanja
- frekvenciju (učestalost) u općoj populaciji (gnomAD!)
- (ne) pristunost o srodniku sa ili bez fenotipa
- relativnu poziciju u genu (egzon, intron, ..; UCSC Genome Browser)
- utjecaj na protein za koji gen kodira (UCSC Genome Browser + tablica translacije kodon-amino kiselina)
- preklapanje s fenotipom (HPO browser, OMIM)
- mjesto izražavanja
- sačuvanje u drugim vrstama (UCSC Genome Browser)
- položaj na strukturi (UniProt, PDB)
Dodatni savjeti
- za određivanje veze fenotipa i genotipa koristite HPO browser ili OMIM
- za određivanje položaja mutacija unutar gena, kao i njezinog utjecaja, koristite UCSC Genome Browser
- gnomAD databazu korstite da biste saznali frekvenciju u populaciji, njihovu preostalu anotaciju možete zanemariti
- mi tražimo mutacije koje su vrlo rijetke - ako varijanta nije uopće prisutna u gnomAD databazi, tim bolje!
Zadaci
Zadatak1:
- fenotip: ekstremni nedostatak adipoznog tkiva
- VCF tablica
Zadatak 2:
- fenotip: osoba nee tolerira fizicki napor, mijalgia, opca slabost
- VCF tablica
Zadatak 3:
- djevojcica s progerijom
- VCF tablica
Zadatak 4:
- mladic s povecanom jetrom, slabom koordinacijom, anemijom, i respiratornim problemima
- VCF tablica
Zadatak 5:
- cetverogodisnja djevojcica s makularnom degeneracijom
- VCF tablica
Vježba 4
Svi rade istu vježbu: demo slučaj kompanije Codified Genomics
Upute
U prezentaciji
- pokažite sve korake (filtere) koje ste korstili da biste pronašli najvjerojatnijeg kandidata za uzročni mutirani gen
- pacijent nije nužno homozigotan u uzročnoj aleli
- opišite puni fenotip (bolest, u ovom slučaju) koji mutacije izazivaju
- objasnite bolest na molekulskom nivou