Molekularna

Vježba

U svim vježbama zadatak je pronaći poziciju na genomu i na proteinu, te napraviti prezentaciju od 3 stranice.

Poziciju na genomu moguće je pronaći i ilustrirati kosteći UCSC Genome Browser (Preglednik Genoma Kalifornijskog Sveučilišta Santa Cruz).

Za vizualizaciju proteinske strukture koristit ćemo danas PyMol, instaliran na vašem računalu.

Primjer prezentacije

Nekoliko savjeta

pri korištenju UCSC GB

• upišite interval od +/- 10 nukleotida, npr. chr11:5,248,223-5,248,243
• prelaskom miša preko egzona pokazat će se broj egzona (u danom splice-u)

pri korištenju PyMol-a

• ‘fetch 1xyz’ da biste učitali strukturu 1xyz direktno iz PDB baze podataka
• ‘select ime, chain A and resi 235’ - da bi se reziduum 235 iz lanca A pojavio na izborniku s desne strane

DNA codon table

U pod-listi za svaki zadatak su dodatne sugestije - za zanimljiviju prezentaciju

Zadaci

• Zadatak 1: Chr4:1,803,657 (on Assembly GRCh37); PDB: 1ry7
  • hint 1
  • hint 2
  • hint 3
• Zadatak 2: Chr17:41,258,473 (on Assembly GRCh37); PDB: 1jm7
  • hint 2
  • hint 2
  • hint 3
• Zadatak 3: Chr12:103,238,205 (on Assembly GRCh37); PDB: 1dmw
  • hint 1; Preset je pod "action" gumbom
  • hint 2
  • hint 3
  • hint 4
• Zadatak 4: Chr15:28,365,618 (struktura nije poznata)
  • for Chr15:28,365,618 zoom out 100x
  • hint 1
  • Chr15:28,230,318
  • ovdje traziti rs brojeve (pod ID)
  • hint 2
  • koji mit rasprsuje ova tablica?
• Zadatak 5: Chr19:41925187 + Chr6:80878602; PDB: 1dtw
  • oprez: brojevi na strukturi su pomaknuti!
  • hint 2
  • hint 4
  • zasto dva gena kodirana na dva razlicita kromosoma uzrokuju isti fenotip (bolest)?