Ubrzani tecaj onkologije

Citanka

Obiljezja raka (Hallmarks of Cancer) na Wikipediji
Hallmarks of Cancer, originalni clanak
Hallmarks of Cancer, The Next Generation
Next Generation Sequencing in Oncology, Kamps et al

Vježba

Vjezba, prvi dio

GDC Data Portal, repozitorij egzoma i genoma tumora americkog Nacionalnog Instituta za Rak

Zadaci

U svim zadacima cemo krenuti od stranice 'Exploration', te

1. izabrati tip tumora na izborniku lijevo.
2. Na istom izborniku pod 'Mutations' izabrati procjenu utjecaja mutacije (za sve metode procjene) kao srednji i jak utjecaj (terminologija se razlikuje medju metodama).
3. U prezentaciji napisati nekoliko rijeci o svakom od privh pet najcesce izmutiranih gena ('Genes' tab, centralni dio preglednika). Barem za jedan ilustrirati strukturu koristeci Pymol. Kojem od obiljezja raka doprinosi svaki od tih gena?

• Zadatak 1: lung
• Zadatak 2: breast
• Zadatak 3: colon
• Zadatak 4: brain
• Zadatak 5: prostate

Vjezba, drugi dio

Analiza genoma tumora (na osnovi podataka iz stvarnog tumora), koristeci applikaciju Personal Cancer Genome Reporter. Zadatak: o kojem tumoru se radi? Koji su 'driver' geni? Za koji tip raka su ocekivani? Mozete li nesto reci o prognozi?

• Zadatak 1
• Zadatak 2
• Zadatak 3
• Zadatak 4
• Zadatak 5