NGS

donijeti indexe u petak!

komentar o prezentiranju i slusanju prezentacije

Zadaci

• Zadatak 1: Sekvenciranje citavog exoma
  (whole exome sequencing; WES)
  • Kodirajuci geni i egzom. Velicina egzoma.
  • Kako radi WES.
  • Dostupnost i cijena.
  • Klinicka primjena WES-a.
• Zadatak 2: Sekvenciranje citavog genoma
  (whole genome sequencing; WGS)
  • Koliko je velik egzom u odnosu na genom? Sto se nalazi na "ostatku" genoma?
  • O WGS-u
    • Princip.
    • Nanopore.
    • Dostupnost i cijena.
    • Prednost nad WES-om
  • Klinicka vrijednost WGS-a.
• Zadatak 3: Sekvenciranje transkriptoma
  (RNA sequencing; RNASeq)
  • Transkriptom:
    • Sto je transkriptom?
    • Problem doredjivanja haplotipa ("phasing").
    • Fuzija gena.
  • Kako radi RNASeq?
  • Klinicka primjena RNASeq-a.
• Zadatak 4: Sekvenciranje regulatornih dijeova genoma
  (Chromatin Immunoprecipitation sequencing; ChIPSeq)
  • Kako se regulira izrazavanje gena transkripcijskim faktorima i 'enhancer-ima'?
  • Kako radi ChIPSeq?
  • Za sto se koristi ChipSEQ? Primjer.
• Zadatak 5: Sekvenciranje epigenetskih modifikacija
  (Whole-genome bisulfite sequencing; WGBS)
  • Sto je epigenetika? Kontrola izrazavanja gena kemijskom modifikacijom DNK.
  • Kako radi WGBS?
  • Klinicka primjena epigenetike.