NGS 2

klinička primjena

Zadaci

• Zadatak 1: Sekvenciranje DNA: čitavog genoma, egzoma ili panela gena
  (whole genome sequencing; WGS)
  • Prednosti i nedostatci WGS-a.
  • na Wikipediji
  • NGS-based gene panel tests for the management of solid tumors obratiti paznju na odjeljak 4 "What does an NGS-based gene panel test tell you"

---

• Zadatak 2: Sekvenciranje transkriptoma
  (RNA sequencing; RNASeq)
  • Sto je transkriptom?
  • Kako radi RNASeq?
  • Klinička primjena RNASeq-a u tumorima.

---

• Zadatak 3: NGS u epigenetici i epigenetika u tumorima
  (ChIP-seq i ATAC-seq)
  • Epigenetička dijagnostika u tumorima
  • ChIP-seq
  • ATAC-seq
  • (ako ima vremena: Epigenetske promjene kao biljeg tumora)

---

• Zadatak 4: Sekvenciranje patogena
  • Clinical Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pathogen Detection (članak)
  • preskočite uvod i počnite s "Advantages of Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pathogen Detection"
  • preskočite "Validation" odjeljak
  • FDA-ARGOS, referentni genomi za upotrebu u dijagnostici i regulativi
  • Clinical metagenomics, review
    • obratiti pažnju na Sliku 2